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細菌全基因組測序

1. 樣本類型和數量：純化后經過滅活處理的細菌850株。

2. DNA提?。?/span>采用SDS或STE的方法對樣本的基因組DNA進行提取，之后利用瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA的純度和完整性，利用Qubit進行定量。

3.文庫構建：經電泳檢測合格的DNA樣品用Covaris超聲波破碎儀隨機打斷成長度約為350 bp的片段。處理完成后的DNA片段，使用Rapid Plus DNA Lib Prep Kit for llumina(RK20208)試劑盒，經末端修復、加A尾、加測序接頭、純化、PCR擴增等步驟完成整個文庫制備。

4.文庫檢測：文庫構建完成后，先使用Qubit 3.0進行初步定量，文庫濃度≥3 ng/ul（總量≥10 ng），使用Agilent對文庫的插入片段進行檢測，insert size符合預期后，使用Q-PCR方法對文庫的有效濃度進行準確定量，以保證文庫質量。

5. 測序平臺：使用illumina NovaSeq PE150上機測序；

6. 質量保證：細菌基因組分型檢測數據量≥1G/樣本；原始下機數據測序質量要求: Q20≥90%，Q30≥85%，交付raw data 和clean data；

7. 生物信息學分析內容

  原始下機數據處理:過濾測序質量值低的reads，保留高質量reads，得到Clean Data；

8.數據交付：需要交付raw data 和clean data；

8.1周期要求：從收樣開始，樣本合格，工作日20天內完成檢測并提供分析結果；

8.2 提供在線云平臺分析以及通過移動硬盤的數據交付。

8.3 成交供應商技術員可提供上門解讀和指導后期數據篩選，持續1年。

9. 樣本交接：根據采購人的要求，在指定地點不定期進行標本交接，樣本運輸必須在干冰條件下運輸。

10. 樣本運輸：供應商負責樣品運輸，運輸費用由供應商承擔。

11.數據儲存：供應商在提供最終數據后，須免費為采購人繼續保留數據不得低于3個月。

2

細菌基因組測序和簡單組裝多位點序列分析

1. 樣本類型和數量：純化后經過滅活處理的細菌400株。

2. DNA提?。?/span>采用SDS或STE的方法對樣本的基因組DNA進行提取，之后利用瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA的純度和完整性，利用Qubit進行定量。

3.文庫構建：經電泳檢測合格的DNA樣品用Covaris超聲波破碎儀隨機打斷成長度約為350 bp的片段。處理完成后的DNA片段，使用Rapid Plus DNA Lib Prep Kit for llumina(RK20208)試劑盒，經末端修復、加A尾、加測序接頭、純化、PCR擴增等步驟完成整個文庫制備。

4. 文庫檢測：文庫構建完成后，先使用Qubit 3.0進行初步定量，文庫濃度≥3 ng/ul（總量≥10 ng），使用Agilent對文庫的插入片段進行檢測，insert size符合預期后，使用Q-PCR方法對文庫的有效濃度進行準確定量，以保證文庫質量。

5. 測序平臺：使用illumina NovaSeq PE150上機測序；

6. 質量保證：細菌基因組分型檢測數據量≥1G/樣本；原始下機數據測序質量要求: Q20≥90%，Q30≥85%；

7. 生物信息學分析內容

7.1 原始下機數據處理:過濾測序質量值低的reads，保留高質量reads，得到Clean Data；

7.2 樣品組裝：進行基因組組裝，得到能反映樣品基因組基本情況的序列文件，并對組裝結果進行評價。每份樣本的測序結果文件包括2個raw data的fastq文件以及1個組裝好的fasta文件；

7.3基因組序列拼接；

7.4基因組序列拼接效果評價。

8.數據交付：

8.1周期要求：從收樣開始，樣本合格，工作日30天內完成檢測并提供分析結果；

8.2 提供在線云平臺分析以及通過移動硬盤的數據交付。

8.3 成交供應商技術員可提供上門解讀和指導后期數據篩選，持續3年。

9. 樣本交接：根據采購人的要求，在指定地點不定期進行標本交接，樣本運輸必須在干冰條件下運輸。

10. 樣本運輸：供應商負責樣品運輸，運輸費用由供應商承擔。

11.數據儲存：供應商在提供最終數據后，須免費為采購人繼續保留數據不得低于3個月。

3

微生物擴增子測序分析

根據所擴增的區域特點構建小片段文庫，并基于illumina 測序平臺對文庫進行雙端測序。針對測序得到的雙端reads，進行拼接、過濾和降噪；對得到的有效數據進行物種注釋以及豐度分析；進行α多樣性和β多樣性分析，挖掘樣本間群落結構的差異、個性化分析和深度的數據。

1. 樣本類型和數量：食品樣本200份。

2. 擴增區域：真菌擴增區域ITS1-1F區域。

3. 文庫構建：根據標準SOP建庫流程進行擴增子文庫構建。

4. 測序平臺及策略：使用illumina平臺上機測序，測序策略為PE250；

5. 質量保證：測序數據量滿足且高于微生物多樣性分析的基本要求，大于5萬tags。原始下機數據測序質量要求: Q20≥90%，Q30≥85%（二代）。

6. 數據量：每個樣品≥5萬raw reads（二代）。

7. 生物信息學分析內容：

7.1 測序得到的原始數據（Raw Data），首先對原始數據進行拼接、過濾，得到有效數據（Clean Data）。每份樣本的測序結果文件包括2個raw data的fastq文件以及1個組裝好的fasta文件。

7.2 基于有效數據通過DADA2進行降噪，并過濾掉豐度小于5的序列，從而獲得最終的ASVs。

7.3 對于得到的ASVs，一方面對每個ASV的代表序列做物種注釋，得到對應的物種信息和基于物種的豐度分布情況。同時，對ASVs進行豐度、Alpha多樣性計算、Venn圖和花瓣圖等分析，以得到樣本內物種豐富度和均勻度信息、不同樣本或分組間的共有和特有ASVs信息等。

7.4 對ASVs進行多序列比對并構建系統發育樹，通過PCoA、PCA、NMDS等降維分析和樣本聚類樹展示，探究不同樣本或組別間群落結構的差異。

7.5 可以進一步挖掘分組樣本間的群落結構差異，選用T-test、MetaStat、LEfSe等統計分析方法對分組樣本的物種組成和群落結構進行差異顯著性檢驗。

7.6 擴增子的注釋結果可以和相應的功能數據庫相關聯，可以選用PICRUSt2軟件對生態樣本中的微生物群落進行功能預測分析。

7.7 提供在線自主參數設置的云平臺分析，分析參數等可在云平臺上隨時調整。云平臺支持測序和蛋白，代謝多組學，云平臺免費使用。

7.8 周期要求：從收樣開始，樣本合格，工作日20天內內完成檢測并提供分析結果；

7.9 售后駐地技術員上門解讀和指導后期數據篩選，持續3年。

8. 樣本交接：根據采購人的要求，樣本運輸必須在干冰條件下運輸。

9. 樣本運輸：供應商負責樣品運輸，運輸費用由供應商承擔。

10.數據儲存：供應商在提供最終數據后，須免費為采購人繼續保留數據不得低于3個月。

1

細菌全基因組測序

850株

2

細菌基因組測序和簡單組裝多位點序列分析

400株

3

微生物擴增子測序分析

總金額（元）